Dans un article publié chez nos confrères américains de Nature Methods, des chercheurs de l’Institut Salk proposent à leur confrères spécialisés en biologie un outil sans équivalent pour l’analyse d’images complexes issues de microscopes électroniques. Il s’agit grosso modo d’un script grâce auquel on peut envoyer les images sur le cloud d’Amazon et obtenir les résultats d’analyse en un temps diminué de plusieurs facteurs. Plus intéressant encore, la précision de cet outils permet de descendre au niveau de la molécule – ce qui n’est pas à la portée de tous les laboratoires. On peut ainsi mieux comprendre la machine moléculaire, composée de protéines et d’enzymes, sur laquelle on travaille.

Pour bien comprendre le problème, il faut rappeler que selon le physicien Ernst Abbe, on ne peut différencier deux objets dès lors que leur dimension est inférieure à la moitié de la longueur d’onde de la lumière utilisée. En pratique, cela signifie qu’avec les outils d’aujourd’hui, tout ce qui est inférieur à 200 nm ne peut nous apparaître que flou – à commencer par les molécules dont la taille ne dépasse pas quelques dizaines de nanomètres.

En utilisant la méthode PALM (Photoactivated Localization Microscopy) de Lippincott-Schwartz et en l’accélérant très fortement grâce aux ressources de calcul intensif du cloud Amazon, l’équipe de Salk permet donc à tout un chacun de s’affranchir des contraintes matérielles qui sont les siennes. Dans l’article, un tutoriel explique comment utiliser ces méthodes, et plusieurs exemples illustrent leur bénéfice. Dans un cas, le temps de traitement d’une image “data-intensive” est passé de 24 heures à 72 minutes. Dans un autre, on passe de 9 jours à 3 heures et demie.

Plus d’info : http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n2/full/nmeth.2335.html