Calcul Intensif et Big Data : un duo gagnant – Bull et le Centre national de l’analyse génomique de Barcelone accélèrent le séquençage génomique

En s’équipant d’un supercalculateur Bull doté de plus de 1 200 coeurs de calcul et de 2,7 petaoctets de stockage, le Centre national de l’analyse génomique de Barcelone (CNAG) devient un centre de référence en génomique en Europe

Bull et le Centre National de l’Analyse Génomique de Barcelone, l’une des références de l’analyse génomique en Europe, accélèrent le séquençage génomique grâce au calcul intensif et au Big Data. L’utilisation du calcul intensif permet à la génomique de progresser à un tel rythme qu’il va conduire à la médecine personnalisée. L’enjeu étant une meilleure santé et une meilleure qualité de vie.

Ensemble du matériel génétique d’un individu, le génome est souvent comparé à une encyclopédie dont les différents volumes seraient les chromosomes. Les gènes seraient les phrases contenues dans ces volumes. La recherche génomique gère donc des quantités massives de données qui nécessitent une grande capacité de calcul et de stockage, à laquelle le calcul intensif biomédical est la réponse. En éliminant les goulots d’étranglement survenant dans l’analyse des données et en stockant ces données efficacement, le séquençage massif devient possible.

Le Centre National de l’Analyse Génomique de Barcelone gère des projets à grande échelle portant sur le séquençage et l’analyse de l’ADN, pour rester dans la course européenne dans le domaine stratégique de la génomique. Avec une capacité de séquençage de plus de 800 Gbases/jour, l’équivalent du séquençage complet de huit génomes humains par jour, cela en fait l’un des centres les plus importants d’Europe.  

«  Le défi génomique est tel, explique Ivo G. Gut, directeur du CNAG, qu’il ne peut être relevé avec le calcul traditionnel. La solution n’est pas non plus d’augmenter le nombre de séquenceurs. La clé réside dans l’équilibre entre le séquençage et le calcul intensif. »  Et d’ajouter « Il ne s’agit pas uniquement d’augmenter la capacité de séquençage avec l’acquisition de nouvelles machines, mais de concevoir de A à Z les infrastructures de calcul adéquates, avec l’aide d’un partenaire technologique riche de son expérience dans le domaine de la génomique. Il est également essentiel de choisir une infrastructure flexible, qui pourra croître sans limites, avec les projets de génomique. »

 « La mise en oeuvre complète de la génomique dans les systèmes de santé publique passe par la résolution de certaines difficultés scientifiques et technologiques. Ce sont ces défis technologiques que Bull s’est donné pour mission de relever grâce à ses capacités de calcul intensif » indique Natalia Jiménez, Conseillère Santé et science de la vie chez Bull.

Actuellement, le centre contribue de manière significative à trois importantes initiatives internationales : l’International Cancer Genome Consortium (ICGC), l’International Rare Diseases Research Consortium (IRDiRC) et l’International Human Epigenome Consortium (IHEC).

Source: Bull