Des chercheurs de l’université d’Illinois (Urbana-Champaign) viennent de déterminer la structure chimique de la capside du VIH, coquille protéique qui protège le matériel génétique du virus de l’immunodéficience humaine et constitue la clé de sa virulence. La modélisation de cette structure est une avancée majeures vers l’amélioration de l’efficacité des antirétroviraux. Et c’est à un code CUDA qu’on la doit. Les chercheurs ont en effet utilisé Blue Waters, calculateur Cray XK7 équipé de 3 000 accélérateurs Tesla K20X, pour réaliser une simulation tout atomique du VIH – une prouesse technique dans la mesure où elle implique plus de 64 millions d’atomes. A partir de ces premiers travaux, d’autres simulations, plus longues, sont prévues. Leur objectif : comprendre comment une protéine perturbant le fonctionnement de cette capside a permis aux macaques rhésus de développer leur immunité au VIH.